Nõukogu kavandab sihtasutuse tegevust ja korraldab selle juhtimist ning teostab järelevalvet sihtasutuse ja juhatuse tegevuse üle.

Sihtasutus Viljandi Haigla nõukogu on 5-liikmeline. Nõukogu liikme määrab ametisse ja kutsub tagasi, samuti määrab nõukogu liikmele makstava tasu suuruse sotsiaalminister. Nõukogu liikme tasu suuruse määramisel lähtutakse kehtivatest õigusaktidest.

Nõukogu esimees Agris Koppel - Sotsiaalministeeriumi tervisesüsteemi arendamise osakonna juhataja   

Nõukogu liige Siiri Tõniste - Rahandusministeeriumi kindlustuspoliitika osakonna juhataja

Nõukogu liige Ando Kiviberg - Viljandi linnapea

Nõukogu liige Malle Vahtra - Viljandi Linnavolikogu liige

Nõukogu liige Sirje Ilver - Viljandimaa Puuetega Inimeste Nõukoja ja MTÜ Teeme esindaja