Sihtasutuse juhatus juhib ja esindab sihtasutust, järgides sihtasutuse nõukogu seaduslikke korraldusi ning vastutab sihtasutuse tegevuse eest. Oma ülesannete täitmiseks võtab juhatus vastu otsuseid. Juhatuse liikme valib, määrab ametisse, sõlmib temaga teenistuslepingu töö tasustamiseks ja kutsub tagasi sihtasutuse nõukogu. Juhatuse liikme volituste tähtaeg on 5 aastat.

Alates 2017. aastast on Sihtasutus Viljandi Haigla juhatus 3-liikmeline,
2017. aasta augustist kuuluvad juhatusse:

Juhatuse esimees - Priit Tampere

Juhatuse liige - Katrin Kaarma

Juhatuse liige - Margus Annuk